Au-delà du contrat de plan État-Région 2000-2006, le STIF prépare des grands projets d’investissements pour améliorer les conditions de déplacement des franciliens. Ces projets sont axés sur la modernisation en profondeur des réseaux existants avec notamment les schémas directeurs de ligne de RER, approuvé sur la ligne B, en cours d’élaboration sur les lignes C et D en particulier. Le STIF travaille également sur des projets neufs en particulier en matière de site propre en grande couronne comme par exemple le site de Versailles - Le Chesnay.