Les premiers contrats ont été signés par le STIF avec la RATP et la SNCF pour la période 2000-2003 qui ont été renégociés pour la période 2004-2007. Ils ont fait évoluer de façon importante les relations financières entre l’Autorité Organisatrice et ces deux entreprises publiques. En effet, outre une évolution des mécanismes financiers de compensations et de contributions forfaitaires, les contrats STIF/RATP et STIF/SNCF ont introduit différents mécanismes d’intéressement des entreprises dont un dispositif de Bonus/Malus lié au niveau de qualité de service produit.
En échange de cette rémunération, les entreprises doivent répondre à des obligations contractuelles en terme de qualité de service sur les lignes régulières ouvertes au public, regroupées en réseaux et sous-réseaux par mode d’exploitation.
La qualité de service est mesurée par une série d’indicateurs, variables selon l’entreprise et le réseau, déclinés par réseau et sous-réseaux qui permettent à l’autorité organisatrice de définir le niveau de qualité qu’elle attend et de responsabiliser la RATP et la SNCF sur des objectifs de qualité à atteindre. La plupart de ces indicateurs font référence à la norme européenne de qualité dans les transports.
Ils sont soumis à un système de bonus-malus : chaque indicateur renvoie à un objectif encadré par une borne inférieure et une borne supérieure, au delà desquelles le bonus ou le malus est plafonné. Si le résultat annuel constaté est meilleur que l’objectif fixé, la rémunération est affectée d’un bonus ; dans le cas contraire, elle est affectée d’un malus.